these are the samples I see in this this file.
['HG00098', 'HG00100', 'HG00106', 'HG00112', 'HG00114', 'HG00116', 'HG00117', 'HG00118', 'HG00119', 'HG00120', 'HG00122', 'HG00123', 'HG00124', 'HG00126', 'HG00131', 'HG00141', 'HG00142', 'HG00143', 'HG00144', 'HG00145', 'HG00146', 'HG00147', 'HG00148', 'HG00149', 'HG00150', 'HG00151', 'HG00152', 'HG00153', 'HG00156', 'HG00158', 'HG00159', 'HG00160', 'HG00171', 'HG00173', 'HG00174', 'HG00176', 'HG00177', 'HG00178', 'HG00179', 'HG00180', 'HG00181', 'HG00182', 'HG00183', 'HG00185', 'HG00186', 'HG00187', 'HG00188', 'HG00189', 'HG00190', 'HG00231', 'HG00239', 'HG00242', 'HG00243', 'HG00244', 'HG00245', 'HG00247', 'HG00258', 'HG00262', 'HG00264', 'HG00265', 'HG00266', 'HG00267', 'HG00269', 'HG00270', 'HG00272', 'HG00306', 'HG00308', 'HG00311', 'HG00312', 'HG00357', 'HG00361', 'HG00366', 'HG00367', 'HG00368', 'HG00369', 'HG00372', 'HG00373', 'HG00377', 'HG00380', 'HG00403', 'HG00404', 'HG00406', 'HG00407', 'HG00445', 'HG00446', 'HG00452', 'HG00457', 'HG00553', 'HG00554', 'HG00559', 'HG00560', 'HG00565', 'HG00566', 'HG00577', 'HG00578', 'HG00592', 'HG00593', 'HG00596', 'HG00610', 'HG00611', 'HG00625', 'HG00626', 'HG00628', 'HG00629', 'HG00634', 'HG00635', 'HG00637', 'HG00638', 'HG00640', 'NA06984', 'NA06985', 'NA06986', 'NA06989', 'NA06994', 'NA07000', 'NA07037', 'NA07048', 'NA07051', 'NA07056', 'NA07346', 'NA07347', 'NA07357', 'NA10847', 'NA10851', 'NA11829', 'NA11830', 'NA11831', 'NA11832', 'NA11840', 'NA11843', 'NA11881', 'NA11892', 'NA11893', 'NA11894', 'NA11918', 'NA11919', 'NA11920', 'NA11930', 'NA11931', 'NA11932', 'NA11933', 'NA11992', 'NA11993', 'NA11994', 'NA11995', 'NA12003', 'NA12004', 'NA12005', 'NA12006', 'NA12043', 'NA12044', 'NA12045', 'NA12046', 'NA12058', 'NA12144', 'NA12154', 'NA12155', 'NA12156', 'NA12249', 'NA12272', 'NA12273', 'NA12275', 'NA12287', 'NA12340', 'NA12341', 'NA12342', 'NA12347', 'NA12348', 'NA12383', 'NA12399', 'NA12400', 'NA12413', 'NA12414', 'NA12489', 'NA12546', 'NA12716', 'NA12717', 'NA12718', 'NA12749', 'NA12750', 'NA12751', 'NA12761', 'NA12762', 'NA12763', 'NA12775', 'NA12776', 'NA12777', 'NA12778', 'NA12812', 'NA12813', 'NA12814', 'NA12815', 'NA12828', 'NA12830', 'NA12872', 'NA12873', 'NA12874', 'NA12889', 'NA12890', 'NA18486', 'NA18487', 'NA18489', 'NA18498', 'NA18499', 'NA18501', 'NA18502', 'NA18504', 'NA18505', 'NA18507', 'NA18508', 'NA18510', 'NA18511', 'NA18516', 'NA18517', 'NA18519', 'NA18520', 'NA18522', 'NA18523', 'NA18525', 'NA18526', 'NA18527', 'NA18532', 'NA18535', 'NA18537', 'NA18538', 'NA18539', 'NA18541', 'NA18542', 'NA18545', 'NA18547', 'NA18550', 'NA18552', 'NA18553', 'NA18555', 'NA18558', 'NA18560', 'NA18561', 'NA18562', 'NA18563', 'NA18564', 'NA18565', 'NA18566', 'NA18567', 'NA18570', 'NA18571', 'NA18572', 'NA18573', 'NA18574', 'NA18576', 'NA18577', 'NA18579', 'NA18582', 'NA18592', 'NA18593', 'NA18603', 'NA18605', 'NA18608', 'NA18609', 'NA18611', 'NA18612', 'NA18614', 'NA18615', 'NA18616', 'NA18617', 'NA18618', 'NA18619', 'NA18620', 'NA18621', 'NA18622', 'NA18623', 'NA18624', 'NA18625', 'NA18626', 'NA18627', 'NA18628', 'NA18630', 'NA18631', 'NA18632', 'NA18633', 'NA18634', 'NA18636', 'NA18638', 'NA18640', 'NA18642', 'NA18643', 'NA18745', 'NA18853', 'NA18856', 'NA18858', 'NA18861', 'NA18867', 'NA18868', 'NA18870', 'NA18871', 'NA18873', 'NA18874', 'NA18907', 'NA18908', 'NA18909', 'NA18910', 'NA18912', 'NA18916', 'NA18940', 'NA18941', 'NA18942', 'NA18943', 'NA18944', 'NA18945', 'NA18947', 'NA18948', 'NA18949', 'NA18950', 'NA18951', 'NA18952', 'NA18953', 'NA18955', 'NA18956', 'NA18959', 'NA18960', 'NA18961', 'NA18963', 'NA18964', 'NA18965', 'NA18967', 'NA18968', 'NA18970', 'NA18971', 'NA18972', 'NA18973', 'NA18974', 'NA18975', 'NA18976', 'NA18977', 'NA18979', 'NA18980', 'NA18981', 'NA18982', 'NA18983', 'NA18984', 'NA18985', 'NA18986', 'NA18987', 'NA18988', 'NA18989', 'NA18990', 'NA18997', 'NA18999', 'NA19000', 'NA19001', 'NA19002', 'NA19003', 'NA19004', 'NA19005', 'NA19007', 'NA19009', 'NA19010', 'NA19012', 'NA19027', 'NA19044', 'NA19054', 'NA19055', 'NA19056', 'NA19057', 'NA19058', 'NA19059', 'NA19060', 'NA19062', 'NA19063', 'NA19064', 'NA19065', 'NA19066', 'NA19067', 'NA19068', 'NA19070', 'NA19072', 'NA19074', 'NA19075', 'NA19076', 'NA19077', 'NA19078', 'NA19079', 'NA19082', 'NA19083', 'NA19084', 'NA19085', 'NA19086', 'NA19087', 'NA19088', 'NA19093', 'NA19098', 'NA19099', 'NA19102', 'NA19107', 'NA19108', 'NA19113', 'NA19114', 'NA19116', 'NA19119', 'NA19129', 'NA19130', 'NA19131', 'NA19137', 'NA19138', 'NA19141', 'NA19143', 'NA19144', 'NA19147', 'NA19152', 'NA19153', 'NA19159', 'NA19160', 'NA19171', 'NA19172', 'NA19184', 'NA19189', 'NA19190', 'NA19200', 'NA19201', 'NA19204', 'NA19206', 'NA19207', 'NA19209', 'NA19210', 'NA19213', 'NA19225', 'NA19235', 'NA19236', 'NA19247', 'NA19248', 'NA19256', 'NA19257', 'NA19311', 'NA19312', 'NA19313', 'NA19314', 'NA19332', 'NA19334', 'NA19338', 'NA19346', 'NA19347', 'NA19350', 'NA19355', 'NA19359', 'NA19360', 'NA19371', 'NA19372', 'NA19375', 'NA19376', 'NA19377', 'NA19379', 'NA19381', 'NA19382', 'NA19383', 'NA19384', 'NA19385', 'NA19390', 'NA19391', 'NA19393', 'NA19394', 'NA19395', 'NA19397', 'NA19398', 'NA19399', 'NA19401', 'NA19404', 'NA19428', 'NA19429', 'NA19434', 'NA19435', 'NA19436', 'NA19437', 'NA19438', 'NA19439', 'NA19440', 'NA19443', 'NA19444', 'NA19445', 'NA19446', 'NA19448', 'NA19449', 'NA19451', 'NA19452', 'NA19453', 'NA19455', 'NA19456', 'NA19457', 'NA19461', 'NA19462', 'NA19463', 'NA19466', 'NA19467', 'NA19469', 'NA19471', 'NA19472', 'NA19473', 'NA19474', 'NA19625', 'NA19648', 'NA19649', 'NA19651', 'NA19652', 'NA19654', 'NA19655', 'NA19658', 'NA19660', 'NA19661', 'NA19678', 'NA19684', 'NA19685', 'NA19700', 'NA19701', 'NA19703', 'NA19704', 'NA19707', 'NA19712', 'NA19713', 'NA19720', 'NA19722', 'NA19723', 'NA19725', 'NA19726', 'NA19818', 'NA19819', 'NA19834', 'NA19835', 'NA19900', 'NA19901', 'NA19904', 'NA19908', 'NA19909', 'NA19914', 'NA19916', 'NA19917', 'NA19920', 'NA19921', 'NA19982', 'NA20414', 'NA20502', 'NA20505', 'NA20508', 'NA20509', 'NA20510', 'NA20512', 'NA20515', 'NA20516', 'NA20517', 'NA20518', 'NA20519', 'NA20520', 'NA20521', 'NA20522', 'NA20524', 'NA20525', 'NA20526', 'NA20527', 'NA20528', 'NA20529', 'NA20530', 'NA20531', 'NA20532', 'NA20533', 'NA20534', 'NA20535', 'NA20536', 'NA20537', 'NA20538', 'NA20539', 'NA20540', 'NA20541', 'NA20542', 'NA20543', 'NA20544', 'NA20581', 'NA20582', 'NA20585', 'NA20586', 'NA20588', 'NA20589', 'NA20752', 'NA20753', 'NA20754', 'NA20755', 'NA20756', 'NA20757', 'NA20758', 'NA20759', 'NA20760', 'NA20761', 'NA20765', 'NA20769', 'NA20770', 'NA20771', 'NA20772', 'NA20773', 'NA20774', 'NA20775', 'NA20778', 'NA20783', 'NA20785', 'NA20786', 'NA20787', 'NA20790', 'NA20792', 'NA20795', 'NA20796', 'NA20797', 'NA20798', 'NA20799', 'NA20800', 'NA20801', 'NA20802', 'NA20803', 'NA20804', 'NA20805', 'NA20806', 'NA20807', 'NA20808', 'NA20809', 'NA20810', 'NA20811', 'NA20812', 'NA20813', 'NA20814', 'NA20815', 'NA20816', 'NA20818', 'NA20819', 'NA20826', 'NA20828']
Where can I find a vcf with this NA12878 and her parents?
Hi Jeremy, this question appears a bit cryptic to me, could you expand it a bit for the sake of searching and others trying to do similar tasks? I guess you are looking for a vcf file for a certain individual in 1kg phase (1,2?) using a file. How do you know that the individual must be there? Where is that file coming from and what kind of information are you showing us here?
Well I should have probably prefaced it by saying NA12878 is the most cited individual in 1000 Genomes, and that ALL.2of4intersection.20100804.genotypes.vcf.gz (as ungainly as that name is) is arguably the most referenced VCF file in 1000 Genomes (if there is such an award). So I was wondering why I couldn't find her in it, and where I could find her variants, and that of her parents.
Ah, interesting, is this the entry: http://ccr.coriell.org/Sections/Search/Sample_Detail.aspx?Ref=GM12878