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4.8 years ago
hafiz.talhamalik
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I am using featureCounts for my RNA-seq data to get count matrix. but m facing some problem with my output file. Most of the file is fine but there are few lines which shows multiple chromosome number and length etc parameters so file becomes quite weired. few lines of Output file as follows
LOC111200915 NC_027757.2 7721187 7721746 - 560 0 0 0 0
TRNAK-UUU NC_027757.2;NC_027757.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027760.2;NC_027761.2;NC_027761.2;NC_027761.2;NC_027762.2;NC_027762.2;NC_027762.2;NC_027763.2;NC_027763.2;NC_027763.2;NC_027764.2;NC_027764.2;NC_027765.2;NC_027765.2;NC_027765.2;NC_027765.2;NC_027765.2;NC_027765.2;NC_027765.2;NC_027766.2;NC_027766.2;NC_027767.2;NC_027768.2;NC_027768.2;NC_027768.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027770.2;NC_027770.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027772.2;NC_027772.2;NC_027773.2;NC_027773.2;NC_027773.2;NC_027773.2;NC_027774.2;NC_027774.2;NC_027775.2;NC_027775.2;NC_027775.2;NC_027775.2;NC_027775.2;NW_019168650.1;NW_019168661.1;NW_019169624.1 7722262;29794195;4591526;30392959;11812042;16374173;30473285;11381254;21826746;42164146;17725728;9026708;27304567;30328137;23742914;35206430;29522885;14250636;27162666;15948216;3919260;3919762;2561204;2563996;6896672;19438435;2598375;2686316;38206195;12839567;21684230;49974213;14228086;49499569;61424881;7114134;35800460;48102523;19314503;63392769;6265678;15428313;15428619;16450674;21339001;16479044;42214667;22229939;28583827;27326928;40244035;47777439;40154049;27979494;37088912;5364261;5434733;41556796;46568020;46603547;126231;117826;381 7722333;29794266;4591597;30393030;11812113;16374244;30473356;11381325;21826817;42164217;17725799;9026779;27304638;30328208;23742985;35206501;29522956;14250707;27162737;15948287;3919331;3919833;2561275;2564067;6896743;19438506;2598446;2686387;38206266;12839638;21684303;49974284;14228158;49499640;61424952;7114205;35800531;48102594;19314573;63392840;6265749;15428384;15428690;16450745;21339072;16479115;42214738;22230010;28583898;27326999;40244106;47777510;40154120;27979565;37088983;5364332;5434804;41556867;46568091;46603618;126302;117897;452 -;-;+;+;-;-;-;+;+;+;+;-;-;-;+;+;-;+;+;-;+;+;+;+;+;+;-;-;-;-;+;-;-;+;+;+;+;-;-;+;+;+;+;+;+;-;-;+;-;-;-;-;+;+;-;+;+;-;-;-;+;-;- 4538 0 0 0 2
LOC106389707 NC_027757.2 7723275 7735645 + 12371 28 64 72 26
TRNAS-UGA NC_027757.2;NC_027757.2;NC_027757.2;NC_027757.2;NC_027758.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027761.2;NC_027761.2;NC_027761.2;NC_027761.2;NC_027762.2;NC_027763.2;NC_027763.2;NC_027763.2;NC_027764.2;NC_027764.2;NC_027766.2;NC_027767.2;NC_027769.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027772.2;NC_027772.2;NC_027773.2;NC_027775.2;NW_019168715.1;NW_019168733.1;NW_019168742.1;NW_019168742.1;NW_019168777.1;NW_019169186.1 7741280;24078124;34525595;10666899;19121740;21792764;41600846;20656779;29654010;30359405;30364011;146499;16721062;16742864;25727874;270249;273544;21630844;18265728;35735409;10545640;40910799;42250306;30289161;43510566;53742535;14169175;52832;161881;92191;97826;108690;17715 7741361;24078205;34525676;10666980;19121821;21792845;41600927;20656860;29654091;30359486;30364092;146580;16721143;16742945;25727955;270330;273625;21630925;18265809;35735490;10545720;40910880;42250387;30289242;43510647;53742616;14169256;52913;161962;92272;97908;108771;17796 +;+;+;-;+;-;-;-;+;+;+;-;-;-;+;-;-;+;-;-;-;+;+;-;+;-;+;+;+;+;+;-;- 2706 16 0 0 2
LOC111212312 NC_027757.2 7742849 7744516 - 1668 12 12 20 18
LOC106389700 NC_027757.2 7745526 7751006 + 5481 355 1142 809 283
TRNAM-CAU NC_027757.2;NC_027757.2;NC_027757.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027760.2;NC_027760.2;NC_027760.2;NC_027760.2;NC_027760.2;NC_027760.2;NC_027760.2;NC_027760.2;NC_027760.2;NC_027761.2;NC_027761.2;NC_027761.2;NC_027762.2;NC_027762.2;NC_027763.2;NC_027763.2;NC_027764.2;NC_027764.2;NC_027764.2;NC_027764.2;NC_027765.2;NC_027765.2;NC_027765.2;NC_027766.2;NC_027767.2;NC_027767.2;NC_027767.2;NC_027767.2;NC_027768.2;NC_027768.2;NC_027768.2;NC_027768.2;NC_027768.2;NC_027768.2;NC_027768.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027770.2;NC_027770.2;NC_027770.2;NC_027770.2;NC_027770.2;NC_027770.2;NC_027770.2;NC_027770.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027772.2;NC_027772.2;NC_027772.2;NC_027773.2;NC_027773.2;NC_027774.2;NC_027774.2;NC_027775.2;NC_027775.2;NW_019168597.1;NW_019168597.1;NW_019168597.1;NW_019168607.1;NW_019168607.1;NW_019168607.1;NW_019168607.1;NW_019168607.1;NW_019168607.1;NW_019168607.1;NW_019168661.1;NW_019168661.1;NW_019168962.1;NW_019169232.1;NW_019169386.1;NW_019169386.1 7766741;12035900;25162822;2622328;15251405;15256964;15700018;30499699;9284618;34373920;34386997;34986381;5811235;6956535;7212511;22694131;8219703;11681461;12263521;42077677;47051364;4492638;4496862;4504647;5267769;13546321;17340111;18016513;18019553;19667490;7521328;30384288;20640082;23036266;29571658;16141098;22061468;11743442;17782092;26356994;27734020;6306439;29569234;33675605;9544320;7730407;30266683;50013620;32697633;3588609;8891568;8903752;10647309;20821820;62557474;68091486;11662878;11667999;18756649;36593443;37134941;13000871;21437492;47331317;12242146;12607490;12657306;12723403;12773531;35280203;35285871;64036255;42279742;42284266;2930635;29193324;37767504;40293770;54057933;29775268;38105806;6410007;38322105;234825;301157;358076;27870;77530;181784;231488;143598;297634;347360;196359;197648;3720;24538;1212;7467 7766826;12035971;25162893;2622400;15251476;15257035;15700089;30499784;9284689;34374004;34387081;34986452;5811306;6956606;7212582;22694202;8219774;11681545;12263592;42077748;47051435;4492709;4496933;4504718;5267853;13546392;17340195;18016597;18019637;19667561;7521412;30384373;20640167;23036350;29571743;16141182;22061539;11743513;17782163;26357078;27734104;6306523;29569318;33675676;9544391;7730478;30266756;50013705;32697704;3588682;8891652;8903836;10647380;20821891;62557545;68091557;11662949;11668070;18756733;36593515;37135012;13000942;21437562;47331401;12242219;12607563;12657379;12723476;12773604;35280288;35285956;64036339;42279827;42284351;2930719;29193408;37767575;40293855;54058004;29775339;38105890;6410078;38322176;234898;301230;358149;27943;77603;181857;231561;143671;297707;347433;196444;197733;3804;24611;1296;7551 +;+;+;+;+;+;+;+;-;-;-;-;-;-;-;-;+;+;+;+;+;-;-;-;-;-;-;+;+;+;+;+;-;-;+;+;+;+;-;-;-;+;+;+;+;+;+;+;-;-;-;-;-;+;+;+;-;-;-;-;-;+;+;+;-;-;-;+;+;+;+;+;+;+;-;+;+;+;-;+;+;-;+;-;+;+;-;-;-;-;+;+;+;+;+;-;+;-;- 7672 40 70 66 212
LOC106389696 NC_027757.2 7766898 7769713 + 2816 0 72 48 22
Those are likely exons/multiple copies of the gene at the indicated locations? What do the entry for one of these genes look like in your GTF/GFF file (
grep TRNAM-CAU your.GTF)?looks like multiple location of same gene
If you are summarizing at gene level then
featureCountsis reporting those locations in the same column of the output file. Those columns are generally not used in downstream analysis anyway. File should be tab separated and columns will line up if you were to read/import the file in.Yeah Thanks. got it.
Cross-posted: https://support.bioconductor.org/p/123375/