Hello, I have an awk file that allows me to modify a file according to the content of another file.
file to be modified (vcf.vcf) :
1 879069 rs375430553 C G . PASS RefPanelAF=0.000123191;AN=80;AC=0;INFO=1 GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0
1 879142 rs148506094 C G . PASS RefPanelAF=9.2393e-05;AN=80;AC=0;INFO=1 GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0
1 879317 rs7523549 C T . PASS TYPED;RefPanelAF=0.0342932;AN=80;AC=7;INFO=1 GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 1|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|1 0|0
1 879326 rs111371881 C T . PASS RefPanelAF=9.2393e-05;AN=80;AC=0;INFO=1 GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0
1 879341 rs139574491 G A . PASS RefPanelAF=0.00109332;AN=80;AC=0;INFO=1 GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0
1 879371 rs149846233 G A . PASS RefPanelAF=7.69941e-05;AN=80;AC=0;INFO=1 GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0
1 879409 rs200048444 C G . PASS RefPanelAF=0.00103172;AN=80;AC=0;INFO=1 GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0
file that allows you to modify (rsID):
rs148506094;"ENSG00000187634";"ENST00000342066"|"ENST00000341065"|"ENST00000455979"|"ENST00000618181"|"ENST00000622503"|"ENST00000618779"|"ENST00000616125"|"ENST00000617307"
rs200048444;"ENSG00000187634";"ENST00000342066"|"ENST00000341065"|"ENST00000455979"|"ENST00000618181"|"ENST00000622503"|"ENST00000618779"|"ENST00000616125"|"ENST00000617307"
result :
1 879069 rs375430553 C G . PASS RefPanelAF=0.000123191;AN=80;AC=0;INFO=1 GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0
1 879142 rs148506094 C G . PASS "ENSG00000187634";"ENST00000342066"|"ENST00000341065"|"ENST00000455979"|"ENST00000618181"|"ENST00000622503"|"ENST00000618779"|"ENST00000616125"|"ENST00000617307" GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0
1 879317 rs7523549 C T . PASS TYPED;RefPanelAF=0.0342932;AN=80;AC=7;INFO=1 GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 1|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|1 0|0
1 879326 rs111371881 C T . PASS RefPanelAF=9.2393e-05;AN=80;AC=0;INFO=1 GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0
1 879341 rs139574491 G A . PASS RefPanelAF=0.00109332;AN=80;AC=0;INFO=1 GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0
1 879371 rs149846233 G A . PASS RefPanelAF=7.69941e-05;AN=80;AC=0;INFO=1 GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0
1 879409 rs200048444 C G . PASS "ENSG00000187634";"ENST00000342066"|"ENST00000341065"|"ENST00000455979"|"ENST00000618181"|"ENST00000622503"|"ENST00000618779"|"ENST00000616125"|"ENST00000617307" GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0
code used (which was given to me on a forum):
BEGIN { FS=";" }
NR==FNR { val[$1] = $2 FS $3; next }
FNR==1 { FS=OFS="\t"; $0=$0 }
!/^#/ { $8 = ($3 in val ? val[$3] : $8) }
{ print }
However, at the same time I would like to delete the lines that are in vcf.vcf but not in rsID.txt.
what is desired:
1 879142 rs148506094 C G . PASS "ENSG00000187634";"ENST00000342066"|"ENST00000341065"|"ENST00000455979"|"ENST00000618181"|"ENST00000622503"|"ENST00000618779"|"ENST00000616125"|"ENST00000617307" GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0
1 879409 rs200048444 C G . PASS "ENSG00000187634";"ENST00000342066"|"ENST00000341065"|"ENST00000455979"|"ENST00000618181"|"ENST00000622503"|"ENST00000618779"|"ENST00000616125"|"ENST00000617307" GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0
How to do this?
Thank you. Thank you.
•
written
by
amandinelecerfdefer •
You can change your awk code to:
BEGIN { FS=";" }
NR==FNR { val[$1] = $2 FS $3; next }
FNR==1 { FS=OFS="\t"; $0=$0 }
!/^#/ { $8 = ($3 in val ? val[$3] : "") }
$8!="" { print }
Thank you for your answer, it works. You and this site are a great help thanks! I really need to deepen my knowledge of this magical language.
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