Hello everyone,

I have made a phylogenetic tree using IQTREE and visualized it with R package "ggtree" and I want to add bootstrap value, does anyone know how can I do it?

Here's the code I used.

library(ggtree)
library(viridis)
library(gdata)
library(dplyr)
library(readxl)
library(ggplot2)
library(ggnewscale)
library(gplots)
library(paletteer)


#Cargar el archivo newick que se genero en IQTree
secuencia_aa_NSs_tree <- read.tree("Secuencia_aa_NSs_Alineadas.txt.treefile")
#Cargar el archivo excel con los ID y las clasificaciones
datos <- read_excel("Secuencias_aa_NSs_R.xlsx")
#Crear Dataframe para el estado y tejido
Estado <- data.frame("Estado" = datos$Estado)
Tejido <- data.frame("Tejido" = datos$Tejido)
rownames(Estado) <- datos$ID_nuevo
rownames(Tejido) <- datos$ID_nuevo
#Cambiar nombres de los ID
secuencia_aa_NSs_tree$tip.label <- datos$ID_nuevo
#Crear grafico ggtree
p1 <- ggtree(secuencia_aa_NSs_tree, branch.length = 'none', layout = 'circular') +
    geom_tiplab(size = 3) +
    theme(
        legend.position = "none",
        axis.title.x = element_blank(),
        axis.title.y = element_blank(),
        plot.title = element_text(
            size = 20,
            face = "bold",
            hjust = 0.5,
            vjust = -15
        )
    )
p1 <- p1 + theme(plot.margin = margin(0, 0, 0, 0, "cm")) #Ajustar segun necesidades

p2 <- gheatmap(p1, Estado,
               offset = 1.0,
               width = 0.23,
               color = NULL,
               colnames = FALSE) +
    scale_fill_manual(name = "Estado",
                      values = c("Severo" = alpha("#C03211", 0.5),
                                 "Leve"= alpha ("#1E8449", 0.5)),  
                      breaks = c("Severo", "Leve"),
                      labels = c("Severo", "Leve")) +
    theme(legend.position = "right",
          legend.title = element_text(size = 12),
          legend.text = element_text(size = 12),
          legend.box = "vertical", legend.margin = margin()) +
    guides(fill = guide_legend(keywidth = 0.7, keyheight = 0.7))   # Ajusta keywidth según tus necesidades
p3 <- p2 + new_scale_fill()

#show tree
print(p3)