Hi all,
I ran the unix version of featureCounts on ChIPseq data using the following script:
featureCounts -F SAF -p -O -T 8 -a $MACS2/All_samples_peaks.saf -o $FEATURECOUNTS/All_samples_counts.txt $BAM/*.dedup.q30.bam
which ran successfully, no issues in the log or in the txt summary file. However, the output does not look as expected. It seems as though it is ";" delimited rather than tab delimited and I'm not sure what could have caused this output:
# Program:featureCounts v2.0.1; Command:"featureCounts" "-F" "SAF" "-p" "-O" "-T" "8" "-a" "/rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/macs2/All_samples_peaks.saf" "-o" "/rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/All_samples_counts.txt" "/rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-rotenone-input5_S15_L008.dedup.q30.bam" "/rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-rotenone-sample5_S12_L008.dedup.q30.bam" "/rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-rotenone-sample6_S13_L008.dedup.q30.bam" "/rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-vehicle-input2_S14_L008.dedup.q30.bam" "/rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-vehicle-sample1_S10_L008.dedup.q30.bam" "/rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-vehicle-sample2_S11_L008.dedup.q30.bam"
Geneid Chr Start End Strand Length /rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-rotenone-input5_S15_L008.dedup.q30.bam /rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-rotenone-sample5_S12_L008.dedup.q30.bam /rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-rotenone-sample6_S13_L008.dedup.q30.bam /rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-vehicle-input2_S14_L008.dedup.q30.bam /rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-vehicle-sample1_S10_L008.dedup.q30.bam /rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-vehicle-sample2_S11_L008.dedup.q30.bam
gene_id 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
etc etc.
Any thoughts or advice?
Thanks!
When I try to do this I get 12 columns but just 1 row
I also tried read.table("All_samples_counts.txt", sep=";", header=TRUE) however it errored with the message
Error in read.table("All_samples_counts.txt", sep = ";", header = TRUE) :
more columns than column names
What I meant is when I tried to do read.delim(x, skip=1, header=TRUE) all I got was 12 columns and 1 row, and a lot of counts still missing
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