dear all I am analysing dn/ds of some protein sequences. I am running pal2nal.pl cluster_1.aln.faa nt_out.fasta -output paml -nogap > cluster_1.pal2nal

after that codeml

but after running codeml, i coud not find codeml.txt file. I have checked my files with example files of PAML but could not identify any error.

and python parse_codeml_output.py codeml.txt (This command is not running).

Can anybody tell me the problem.

INPUT file
    >core_1459_786_Org786_Gene1338
    MSQANATSLTLSSPTENKTSESGQLKEFRTPPHNLAIEQAVLAALMTVAESFEQVSDLLK
    ENDFYATRHKYIYRAIEKLAQENSPYDAVLVNDWLLKQNLLDAIGGEEYLMQLMADSPSS
    FYNLETYATKIKEFSTLRSMIKVSTEILQNAYDTKGRGVSEILDLAETSIFSLAEQHNNN
    KKDSGPKAISSVTADVISKLDELSKLDGNITGLTTGFLELDNKTSGMQPGDLIIVAARPS
    MGKTTFAMNLVESVLQYNKLPALVFSMEMPADSIAMRLISAMGKVHQGHLRSGNLDADEW
    TKVTGTILQLQQMHLYIDDSSALPPTEVRARARRIAKMHDGKIGCIMVDYLQLMKVPGMG
    DNRVGEISEISRSLKALAKEMNCPVIALSQLNRSLENRPNKRPVMSDLRESGAIEQDADL
    IMFIYRDEVYNKESKEAGTAEIIIGKQRNGPIGTVRLAFEGQYTRFSNLSPEYYSQYDDE
    E
    >core_1459_787_Org787_Gene2688
    MSQANATSLTLSSPTENKTSESGQLKEFRTPPHNLAIEQAVLAALMTVAESFEQVSDLLK
    ENDFYATRHKYIYRAIEKLAQENSPYDAVLVNDWLLKQNLLDAIGGEEYLMQLMADSPSS
    FYNLETYATKIKEFSTLRSMIKVSTEILQNAYDTKGRGVSEILDLAETSIFSLAEQHNNN
    KKDSGPKAISSVTADVISKLDELSKLDGNITGLTTGFLELDNKTSGMQPGDLIIVAARPS
    MGKTTFAMNLVESVLQYNKLPALVFSMEMPADSIAMRLISAMGKVHQGHLRSGNLDADEW
    TKVTGTILQLQQMHLYIDDSSALPPTEVRARARRIAKMHDGKIGCIMVDYLQLMKVPGMG
    DNRVGEISEISRSLKALAKEMNCPVIALSQLNRSLENRPNKRPVMSDLRESGAIEQDADL
    IMFIYRDEVYNKESKEAGTAEIIIGKQRNGPIGTVRLAFEGQYTRFSNLSPEYYSQYDDE
    E
    >core_1459_788_Org788_Gene2222
    MSQANATSLTLSSPTENKTSESGQLKEFRTPPHNLAIEQAVLAALMTVAESFEQVSDLLK
    ENDFYATRHKYIYRAIEKLAQENSPYDAVLVNDWLLKQNLLDAIGGEEYLMQLMADSPSS
    FYNLETYATKIKEFSTLRSMIKVSTEILQNAYDTKGRGVSEILDLAETSIFSLAEQHNNN
    KKDSGPKAISSVTADVISKLDELSKLDGNITGLTTGFLELDNKTSGMQPGDLIIVAARPS
    MGKTTFAMNLVESVLQYNKLPALVFSMEMPADSIAMRLISAMGKVHQGHLRSGNLDADEW
    TKVTGTILQLQQMHLYIDDSSALPPTEVRARARRIAKMHDGKIGCIMVDYLQLMKVPGMG
    DNRVGEISEISRSLKALAKEMNCPVIALSQLNRSLENRPNKRPVMSDLRESGAIEQDADL
    IMFIYRDEVYNKESKEAGTAEIIIGKQRNGPIGTVRLAFEGQYTRFSNLSPEYYSQYDDE

DNA file input: 
    >core_1459_786_Org786_Gene1338
    ATGTCACAAGCAAATGCAACTTCATTAACTTTATCATCACCAACTGAAAATAAAACTTCA
    GAATCAGGTCAATTAAAAGAATTTCGTACTCCACCACATAATTTAGCAATTGAACAAGCA
    GTTTTAGCAGCATTAATGACTGTTGCAGAATCATTTGAACAAGTTTCAGATTTATTAAAA
    GAAAATGATTTTTATGCAACTCGTCATAAATATATTTATCGTGCAATTGAAAAATTAGCA
    CAAGAAAATTCACCATATGATGCAGTTTTAGTTAATGATTGGTTATTAAAACAAAATTTA
    TTAGATGCAATTGGTGGTGAAGAATATTTAATGCAATTAATGGCAGATTCACCATCATCA
    TTTTATAATTTAGAAACTTATGCAACTAAAATTAAAGAATTTTCAACTTTACGTTCAATG
    ATTAAAGTTTCAACTGAAATTTTACAAAATGCATATGATACTAAAGGTCGTGGTGTTTCA
    GAAATTTTAGATTTAGCAGAAACTTCAATTTTTTCATTAGCAGAACAACATAATAATAAT
    AAAAAAGATTCAGGTCCAAAAGCAATTTCATCAGTTACTGCAGATGTTATTTCAAAATTA
    GATGAATTATCAAAATTAGATGGTAATATTACTGGTTTAACTACTGGTTTTTTAGAATTA
    GATAATAAAACTTCAGGTATGCAACCAGGTGATTTAATTATTGTTGCAGCACGTCCATCA
    ATGGGTAAAACTACTTTTGCAATGAATTTAGTTGAATCAGTTTTACAATATAATAAATTA
    CCAGCATTAGTTTTTTCAATGGAAATGCCAGCAGATTCAATTGCAATGCGTTTAATTTCA
    GCAATGGGTAAAGTTCATCAAGGTCATTTACGTTCAGGTAATTTAGATGCAGATGAATGG
    ACTAAAGTTACTGGTACTATTTTACAATTACAACAAATGCATTTATATATTGATGATTCA
    TCAGCATTACCACCAACTGAAGTTCGTGCACGTGCACGTCGTATTGCAAAAATGCATGAT
    GGTAAAATTGGTTGTATTATGGTTGATTATTTACAATTAATGAAAGTTCCAGGTATGGGT
    GATAATCGTGTTGGTGAAATTTCAGAAATTTCACGTTCATTAAAAGCATTAGCAAAAGAA
    ATGAATTGTCCAGTTATTGCATTATCACAATTAAATCGTTCATTAGAAAATCGTCCAAAT
    AAACGTCCAGTTATGTCAGATTTACGTGAATCAGGTGCAATTGAACAAGATGCAGATTTA
    ATTATGTTTATTTATCGTGATGAAGTTTATAATAAAGAATCAAAAGAAGCAGGTACTGCA
    GAAATTATTATTGGTAAACAACGTAATGGTCCAATTGGTACTGTTCGTTTAGCATTTGAA
    GGTCAATATACTCGTTTTTCAAATTTATCACCAGAATATTATTCACAATATGATGATGAA
    GAA
    >core_1459_787_Org787_Gene2688
    ATGTCACAAGCAAATGCAACTTCATTAACTTTATCATCACCAACTGAAAATAAAACTTCA
    GAATCAGGTCAATTAAAAGAATTTCGTACTCCACCACATAATTTAGCAATTGAACAAGCA
    GTTTTAGCAGCATTAATGACTGTTGCAGAATCATTTGAACAAGTTTCAGATTTATTAAAA
    GAAAATGATTTTTATGCAACTCGTCATAAATATATTTATCGTGCAATTGAAAAATTAGCA
    CAAGAAAATTCACCATATGATGCAGTTTTAGTTAATGATTGGTTATTAAAACAAAATTTA
    TTAGATGCAATTGGTGGTGAAGAATATTTAATGCAATTAATGGCAGATTCACCATCATCA
    TTTTATAATTTAGAAACTTATGCAACTAAAATTAAAGAATTTTCAACTTTACGTTCAATG
    ATTAAAGTTTCAACTGAAATTTTACAAAATGCATATGATACTAAAGGTCGTGGTGTTTCA
    GAAATTTTAGATTTAGCAGAAACTTCAATTTTTTCATTAGCAGAACAACATAATAATAAT
    AAAAAAGATTCAGGTCCAAAAGCAATTTCATCAGTTACTGCAGATGTTATTTCAAAATTA
    GATGAATTATCAAAATTAGATGGTAATATTACTGGTTTAACTACTGGTTTTTTAGAATTA
    GATAATAAAACTTCAGGTATGCAACCAGGTGATTTAATTATTGTTGCAGCACGTCCATCA
    ATGGGTAAAACTACTTTTGCAATGAATTTAGTTGAATCAGTTTTACAATATAATAAATTA
    CCAGCATTAGTTTTTTCAATGGAAATGCCAGCAGATTCAATTGCAATGCGTTTAATTTCA
    GCAATGGGTAAAGTTCATCAAGGTCATTTACGTTCAGGTAATTTAGATGCAGATGAATGG
    ACTAAAGTTACTGGTACTATTTTACAATTACAACAAATGCATTTATATATTGATGATTCA
    TCAGCATTACCACCAACTGAAGTTCGTGCACGTGCACGTCGTATTGCAAAAATGCATGAT
    GGTAAAATTGGTTGTATTATGGTTGATTATTTACAATTAATGAAAGTTCCAGGTATGGGT
    GATAATCGTGTTGGTGAAATTTCAGAAATTTCACGTTCATTAAAAGCATTAGCAAAAGAA
    ATGAATTGTCCAGTTATTGCATTATCACAATTAAATCGTTCATTAGAAAATCGTCCAAAT
    AAACGTCCAGTTATGTCAGATTTACGTGAATCAGGTGCAATTGAACAAGATGCAGATTTA
    ATTATGTTTATTTATCGTGATGAAGTTTATAATAAAGAATCAAAAGAAGCAGGTACTGCA
    GAAATTATTATTGGTAAACAACGTAATGGTCCAATTGGTACTGTTCGTTTAGCATTTGAA
    GGTCAATATACTCGTTTTTCAAATTTATCACCAGAATATTATTCACAATATGATGATGAA
    GAA
    >core_1459_788_Org788_Gene2222
    ATGTCACAAGCAAATGCAACTTCATTAACTTTATCATCACCAACTGAAAATAAAACTTCA
    GAATCAGGTCAATTAAAAGAATTTCGTACTCCACCACATAATTTAGCAATTGAACAAGCA
    GTTTTAGCAGCATTAATGACTGTTGCAGAATCATTTGAACAAGTTTCAGATTTATTAAAA
    GAAAATGATTTTTATGCAACTCGTCATAAATATATTTATCGTGCAATTGAAAAATTAGCA
    CAAGAAAATTCACCATATGATGCAGTTTTAGTTAATGATTGGTTATTAAAACAAAATTTA
    TTAGATGCAATTGGTGGTGAAGAATATTTAATGCAATTAATGGCAGATTCACCATCATCA
    TTTTATAATTTAGAAACTTATGCAACTAAAATTAAAGAATTTTCAACTTTACGTTCAATG
    ATTAAAGTTTCAACTGAAATTTTACAAAATGCATATGATACTAAAGGTCGTGGTGTTTCA
    GAAATTTTAGATTTAGCAGAAACTTCAATTTTTTCATTAGCAGAACAACATAATAATAAT
    AAAAAAGATTCAGGTCCAAAAGCAATTTCATCAGTTACTGCAGATGTTATTTCAAAATTA
    GATGAATTATCAAAATTAGATGGTAATATTACTGGTTTAACTACTGGTTTTTTAGAATTA
    GATAATAAAACTTCAGGTATGCAACCAGGTGATTTAATTATTGTTGCAGCACGTCCATCA
    ATGGGTAAAACTACTTTTGCAATGAATTTAGTTGAATCAGTTTTACAATATAATAAATTA
    CCAGCATTAGTTTTTTCAATGGAAATGCCAGCAGATTCAATTGCAATGCGTTTAATTTCA
    GCAATGGGTAAAGTTCATCAAGGTCATTTACGTTCAGGTAATTTAGATGCAGATGAATGG
    ACTAAAGTTACTGGTACTATTTTACAATTACAACAAATGCATTTATATATTGATGATTCA
    TCAGCATTACCACCAACTGAAGTTCGTGCACGTGCACGTCGTATTGCAAAAATGCATGAT
    GGTAAAATTGGTTGTATTATGGTTGATTATTTACAATTAATGAAAGTTCCAGGTATGGGT
    GATAATCGTGTTGGTGAAATTTCAGAAATTTCACGTTCATTAAAAGCATTAGCAAAAGAA
    ATGAATTGTCCAGTTATTGCATTATCACAATTAAATCGTTCATTAGAAAATCGTCCAAAT
    AAACGTCCAGTTATGTCAGATTTACGTGAATCAGGTGCAATTGAACAAGATGCAGATTTA
    ATTATGTTTATTTATCGTGATGAAGTTTATAATAAAGAATCAAAAGAAGCAGGTACTGCA
    GAAATTATTATTGGTAAACAACGTAATGGTCCAATTGGTACTGTTCGTTTAGCATTTGAA
    GGTCAATATACTCGTTTTTCAAATTTATCACCAGAATATTATTCACAATATGATGATGAA
    GAA