This is a test version of Biostars. For the public version, visit https://www.biostars.org.
Splitting a fasta into desired nucleotide length

Hello,

I want to split this fasta to my desired nucleotide length. In my case, i need to split every 2500bp length. Let me clear a bit more, Suppose, A fasta file has 5934bp length, i want split it a way that give 2 fasta having 2500bp and rest 934 in another fasta file.

I have tried pyfasta program but it does not work in this way.

Please suggest me a way to solve this issue!

Thanks in advance!!!!!

   >NC_1342:::::: TCCGCCAGTAGAGAATCGACCTGTGGGACTGATCATTGGAGTCATCGTTGGTCTGTCAGCTGTGGTGATTTTTGTGGCCTGTCTCATCTATAAAAATCCCGAAAAAAGACAAAACATATTTCTTGTTCCATCTTGTCACGAACGGATACGACATTGTTTCTGTAGACGAGCAGGGGCTCATGTAACATCGGCAGTAATATAATTTCCCTTCCCCTTCCCCTTTCATCCCCCTTCTTGAATTGCCACCTTATCGTGGTGGAGGGGTTTGTGAGCTCAGACGATCCTGGGAGCTGAGTTGTCTGGAGCGTTCAGCTCCTGGTAGGGTCTCCCATGACAAACAGTTCCCAGGTGATGAGCCAGACTAAGAGCAATTCAAAAAAACATTGTCCTGTTTGTACCAATCATGTGGACAACAGCTAAATCTGATTTAGCGACTTAGTGTTACCTAAGACATGATTGCGTATTATAAAAACCTGTGATAATGAAAGGACAATATGTAACTGTTAAATGTAATAAAATGAGTTAGACTTGAAACACGAGACCACAGAGTTCTGTGTGAACACACCAACATGTTGGCTGGTGTGGACCAGGTAAAGACAACATGTACTCATACAAATATCAAAGATGAGTAGCTCAATTACATTTTATGCAAAGGACAAGTACTCCAGCTGGCTTCTGTTGTTACCTGGTGTTACTTAAATATAATTGTATTGACAGTATTTGAATTTACTGACACAACTTCTTTTTTTACTGTTTACACGTCAAATCTGTATCAGGTATCCTGTAAATTCAGCTGTCATAATAACAGCACTGAAGGTAAAACAGCTTTCTATAGACTGGGACACTTCAGGCTAAATTATGTGTTCACTGCATCTAAAAAACAATAATGATGCTAATGGTTATTACTGTGTTTATTATCAGGTGATTTGTATGTTTATGCCATTAAAAGATGGAATCAAAATACTTCTAATGGCATTTATTGTACAGTTTTATTTATGTTTTATTGTTGCTGTGCACTGAAAGCAGCAGTTTGGGAATCAGATTGTTTAAAATGAACTTGATGCAAAAGTGTTTTTCTCTTCAGTACTTTGTGTGATCCTGATACTGACTGTGATTAGTGTGACTGGAGCCATGGTTGGTTTTCTGTCCTGCAGAACTGTTAATAAAAGCTGTTTGTTGCATGTTTGGTCTGTGTGTCTGGTCTCTCTGGTATCAGTAACTCAGATTATCAGTGGTTAACCCTTTGGCTGCTGGTTATTGGTGCTATTCTATCACACCAGAGAATACGAGGGAGAGAGAACCAGGATGTTTATACTGCAGTTGAATAGAAAGATGACACATCCAGGAAGTGCAGGGAAACATGAGGAAGATATAGATTTTAATGAAGGTGAGCTAAGAGACTTTATGAACTATAAGACCTCTTAACCAGTGAATCCACGGTTATTTAGTTTGACTAAAACTAGATGTGGGGAAAAAACCCAGAACATTCTGGTTAAAATACAAACTAAACTATTGGGGGGAAAAAATAAAAGTGATCTGTTTTCTTTCTTTTTTTAACTTCAAAAATTATTATTAACTACAATAGATATACAGAGGAAGTTAATTTTATTACCCTAAATTTTAAAAAAAAATCTGGAATTTTGAAAGTTAAGACTTTCAAATCACATGAGCCAAAAAAATTTTCACAACAGAAAATAAATAACAAATGTTAGAACTGAGAAATTTTACAATCCAATCATTTCAAATTTGATGCCTAATGTAAGTCTCAAAAATGTTCTTTTAGACAGGCAGAGACCCTCAAAAGACACTTTTGAAGTGGACTGTTTCAAAGTGGGAAAGACTTCTGTGTTCAGACAAATCCAAGTTTGACATTCCTGTTGGTAATCACGTACGCCACATTCTCCGAGCTAAAGAGGAGGGAGACCTAGAGTTCAGTTCAAAAGCCAGCATCTCTGATGGTATGGAGGTGTGTAAGTGCATACAGTATGGACAGCTTACATGTTTTGGATGGAACTATGAATGCTTAAAGTTCTATAAAGGTTTTAGAGCAACATATGCTCCCCTCCAGATGACTCAGGGAAGGTCTTGTTTGTATTTGAGCAGGACAACACAAAATCATATACTGAACCTATAGCAACAACATGACTTTGTCCGAGAAGAGTAGAACGAGCAGCTGTTTCCATTATCTAAGGGCTTCTTCACTGTGTTTCAAAAGAAGCTTCATGAAGGGGGGAAGGGAGCAAAGTTATGCTTCACAGCATCAACCTCACTGTGAGGAAAGAGAGTTGAAAGGCCTCCCACAATGACTGTATCAGATGCATCTCATTTCAAAGCTATGATGGTCTGATCCAGTTAAAGAGCCAGGCTCTGCTTACAAGCTGCACTTATCTTCATCAAAGACAACCTCAAACTATTCAGCTGCTAGAAACCTTTATCAAAGCAACACTAAAACTCCAGAAAGTCATAAGTTTGATGCTCAGACACCTTCAAACTGATTTGAAAAGAAGAGGACAGGCTACACCCTGGTAAACTGGCCCCTGTCCCAACTCTTCTGAGACCTGTAGCAAATTTGAAATGAGCTCATTTAGTGGATGAAATCGTAATTTTTTTCAGTTTAAACATGTGTTATGTTATTCATGTTAAATAAAATAAATAAAACATTGGTTAATTTTGTTCAAATTTAAAGAATGGCCCAACTATTGTAGAATTCAGGTTGTAGTTTTGTTTGGTAAAAATGTTTTAACTGCCTGATGAGGCACTGATGGGAGTGTTTACTGACTTATTACAACTGTGAGTCAGACTGAGCCTGTGTAGATGCCTCTGTGTCAGGAAACAACTTTAACCTGCTTTGGGGTCAAGCAATCAGTTACTGAGAAATTTGCTTAGTACTGCGGAAATATGAGATTAGAAAGGAAACACAACTCACAGTGTGCACGTGAACACACACGCATTCAGACCACCTTCACTTTACTGTCATTAGTTTTATGTTGTTTGCTGAACCAGCTTTCAATTCGGATTCGGGAGACAGACACTGTCTCTACTTTTAAGATTAGCCTTAAAACTTTCCTTTGTGATAAAGCATATAGTTAGGACTGGATCAGGTGACCCTGAAAGTGCAGGCTGCTGGGAGATTCCCATGATGCATTGAGAGTTTTACTCTTCAGTCATGTTTTTCACTCAATGTTCTTACACACAACTCTGCATTTAATTATTCGTTATTATTAATACATGGCTGTCTTAACCACTGTGGTTTTGTCCTGTCTTAGTCCCCTCATCCCAACCCAGTTACAGTTTTTCTCACTTTCTCCAAACCTACACATTAAAAATGCTGTTTTTTTCATAACTCAACTCCTGGGTAAAAGCCGTAGGTTCGTAAGTTGGGTTAGTTTGACCAAATATTGGTTCAAAAGTTGTGACTCAGGACTTCTTGATGCATGCTCAATCATCCAGGTAAGTAAATCTCACTCAATCTCAGCTGACTGCAGGTTTCCCCAACCTTATAAACAGTATTTTTGGCCGCCATGTCTGCAGCCTGCCAGGCACTCAAAGAAAGCTGGACTTCATTGAGATACCAGCTATTTGCTCTACGGAGGAGTCATATTAACAACATTCTCACTAGATTTTGTTCTTTTTACTTTTAATCTATTGTCTTGGCTATTTTACTAAGTCTCTGAAACGAAAATGTATACAAATGGCCCACTTATTATAAATTCCCTGGCAAATAAACGAAAGGAGAAATGGTTTGTGTATCAGGTACTATTTAGACTCAATCCTGTTGGCATCATTGTGTCCTCTATTTTTAATTAAATGCATATTTAGCTCAGGTTAATATCGATCTTCTAATATCTTGATCAGATTCCACGCACACTGAGTAAGTCATTATGCACATAAGACACGGCATCCACAGGAGTGCACAATAAAAACAAACACAGTCGGATAAAGTTTACTTGTTGACTCTGAGTCGTGTTGGTCAGAATTCGCTTATAATAATTTAAGACATTATCTCTTTTGGGTTTTCTTTTATATTTAGAAAAGAAAATAATTTAGTCTTTCGTTTAGTTGCTTTTCATTTTATTTATTTTCATAACTGTAATTAAAATCAAAGAAAATAGTTCTGCGCAGTCGGTGTGGGGATCTGACGTTTCAATATCAATCCGCAGACTGGTATAAAACCGCAGGAGCGCCAGAAACAGACTGTTGCTGTTCCGTCTGTGTTCTGTGTGTATAACTGAAGGTTGCACTAGTTTGGTCTTGAATTTTGAGTGCGTAGTCTTTTTTTCATAAAACCCGAAGCTCGTCTACACGATCAAATCAGGAGACATTGCCCCTAAACTATCGGACTGATTCGGAGAGTGCCTCTGTTCCACTAAATTAAGACTAAAAGGTCAGCCTTCTGTGTACGCACAGAACATGGATGACATCATCCGCACAGTCTTTACGGCTGTGCTATGGACCCTTGCCTCATCCCACGAAGGTAAGTAGAAACCACATGTTTAAGTTAGAAGGCTTTTGTTTTCTGTGTAAAAGTTTCTGTAAACGGCCTGCTGGTTCTTGGATTTGCAGAGTCTCTATTCACTATTTTTGTAACTATTTTTAGCTCTCAGTAACCAGAAGGCGAGCAGAGACGTGTGAATTATTGTTGGTGTCACGAAACTGCGTGAGCTGCAAGCCTCAGCTTCGAGAAGCTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACTAGATATTGTGGTAAGAGAAACCCACACCATATTTCAGAATAAAAGCCCTTGGGTCTCGCCTTATTTTATTTTTTTTCCCCGTCTTATTTAAAAATGATATTAAAAGTGAACTTTCTGTTTCCACAAACTAATTTCACCCTACGTGGACAGTACACATTTTCACAGAACTACTATGGCAATATCAAGTCAGTCTGATTTTTATATTTCAAAATAAGAGCCCCTGGAACGTGCTTATGAGCCATTCTTTGAATTCAGAATGTCCTGTTTAT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sequence

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